Les découvertes de Yoshinori Ohsumi sur l’autophagie

Le chercheur Prix Nobel qui a mis en lumière les mécanismes de la régénération cellulaire

L’autophagie, ce mécanisme extraordinaire par lequel nos cellules se nettoient et se régénèrent, est restée un mystère pendant des décennies. C’est grâce au travail acharné d’un biologiste japonais passionné, Yoshinori Ohsumi, que nous comprenons aujourd’hui les rouages précis de ce processus vital. En élucidant les mécanismes moléculaires de l’autophagie, Ohsumi a ouvert la voie à une compréhension scientifique profonde de la façon dont notre corps se protège naturellement contre les maladies, y compris le cancer. Ses découvertes, couronnées par le prix Nobel de physiologie ou médecine en 2016, révèlent comment la cellule possède en elle-même une capacité remarquable d’auto-nettoyage et de régénération.

1.Un biologiste passionné par les mystères de la cellule

Yoshinori Ohsumi est né le 9 février 1945 à Fukuoka, au Japon, dans un pays encore marqué par les bouleversements de l’après-guerre. Dès son plus jeune âge, il manifeste une curiosité profonde pour les sciences naturelles. Après avoir obtenu sa licence en 1967 à l’Université de Tokyo, il poursuit ses études doctorales dans cette même institution prestigieuse et décroche son doctorat en 1974. Désireux d’élargir ses horizons scientifiques, il part alors pour un post-doctorat à l’Université Rockefeller de New York, où il passe trois années formatrices auprès du biochimiste Gerald Maurice Edelman.

De retour au Japon en 1977, Ohsumi réintègre l’Université de Tokyo. C’est en 1988, alors qu’il établit son propre laboratoire de recherche, qu’il prend une décision audacieuse qui va changer le cours de sa carrière et, par extension, celui de la biologie cellulaire moderne. Plutôt que de suivre les courants dominants de la recherche, Ohsumi choisit délibérément de s’intéresser à un sujet largement négligé par la communauté scientifique : la physiologie des vacuoles dans les levures.

Sa philosophie de recherche est claire et courageuse : « faire ce que personne d’autre ne fait ». Au lieu de se laisser guider par les modes scientifiques du moment, il préfère explorer les fonctionnements fondamentaux de la cellule, même si cela signifie travailler dans l’ombre pendant des années. Cette approche singulière le conduit naturellement à s’interroger sur un processus cellulaire mystérieux et alors largement incompris : l’autophagie. À l’époque, ce mécanisme était considéré comme trop complexe pour être étudié avec les outils disponibles. Mais pour Ohsumi, c’était précisément ce qui le rendait fascinant.

2. L’identification des gènes de l’autophagie : une percée scientifique majeure

Au début des années 1990, Ohsumi se lance dans une série d’expériences brillantes qui vont révolutionner notre compréhension de l’autophagie. Pour observer ce processus invisible à l’œil nu, il choisit un organisme modèle particulièrement adapté : la levure de boulanger, Saccharomyces cerevisiae. Ce choix s’avère déterminant, car la levure est un organisme simple, facile à manipuler génétiquement, et dont les mécanismes cellulaires fondamentaux sont très similaires à ceux des cellules humaines.

L’ingéniosité d’Ohsumi réside dans son approche expérimentale. En 1992, il crée des souches de levure mutantes dépourvues d’enzymes protéases et peptidases vacuolaires, empêchant ainsi la dégradation du contenu des vacuoles. Puis, il prive ces levures de nutriments, notamment d’azote, une condition connue pour induire l’autophagie. Lorsqu’il observe ces levures au microscope optique, la révélation est spectaculaire : des structures appelées « corps autophagiques » s’accumulent massivement à l’intérieur des vacuoles, comme si la cellule avait entrepris un grand nettoyage de printemps mais ne pouvait pas terminer le travail d’élimination. Ces observations visuelles constituent la première preuve directe de l’existence de l’autophagie chez la levure.

Fort de cette découverte visuelle, Ohsumi entreprend alors un travail colossal : identifier les gènes responsables de ce processus. Entre 1993 et 1998, lui et son équipe, bien que composée de seulement trois personnes au départ, mènent un criblage génétique méthodique. Ils examinent au microscope des milliers de souches mutantes de levure pour repérer celles qui ne parviennent pas à déclencher l’autophagie en condition de privation nutritionnelle. Ce travail minutieux, presque obsessionnel, porte ses fruits : en 1993, Ohsumi publie dans la revue FEBS Letters un article fondateur dans lequel il décrit l’identification de 15 gènes essentiels à l’autophagie, qu’il nomme gènes APG (autophagy), rebaptisés plus tard gènes ATG (autophagy-related).

Mais Ohsumi ne s’arrête pas là. Il caractérise ensuite la fonction de chacun de ces gènes. Parmi les découvertes majeures, il identifie ATG1, qui code pour une protéine kinase impliquée dans l’initiation du processus. En 1996, son équipe clone le gène ATG5, puis ATG6. En 1998, Noboru Mizushima, un chercheur postdoctoral dans son laboratoire, fait une découverte stupéfiante : la protéine Atg12 forme un conjugué avec la protéine Atg5, révélant l’existence d’un système de conjugaison similaire à celui de l’ubiquitine, une petite protéine régulatrice bien connue. Cette même année, l’équipe publie dans la prestigieuse revue Nature la description de ce premier système de conjugaison essentiel à l’autophagie. En 2000, Yoshinobu Ichimura, un autre membre de l’équipe, décrit un second système de conjugaison impliquant la protéine Atg8, qui se fixe sur un lipide membranaire, la phosphatidyléthanolamine. Ces systèmes de conjugaison s’avèrent être au cœur de la formation des autophagosomes.

La prouesse scientifique majeure d’Ohsumi ne s’arrête pas à la levure. Très rapidement, son équipe et d’autres laboratoires dans le monde démontrent que ces gènes ATG sont remarquablement conservés chez tous les organismes eucaryotes, y compris chez les mammifères et l’être humain. En 1998, Mizushima identifie les homologues humains des gènes ATG12 et ATG5. En 2000, le laboratoire montre que LC3, la version humaine d’Atg8, se localise sur les membranes des autophagosomes et peut servir de marqueur pour observer l’autophagie dans les cellules humaines. Cette universalité du mécanisme est une révélation scientifique extraordinaire : le processus d’autophagie, figé depuis des centaines de millions d’années d’évolution, témoigne de son importance vitale pour toutes les formes de vie complexe.

3. L’autophagie : le mécanisme de nettoyage et de régénération cellulaire

Grâce aux travaux d’Ohsumi, nous comprenons aujourd’hui avec précision comment fonctionne l’autophagie. Le terme lui-même est révélateur : « autophagie » vient du grec autos (soi-même) et phagein (manger). Il s’agit littéralement d’un processus par lequel la cellule se « mange » elle-même, mais de façon sélective et intelligente.

Le processus d’autophagie se déroule en plusieurs étapes bien orchestrées. Tout commence par l’initiation : en réponse à un stress cellulaire, tel qu’une privation de nutriments, ou suite à l’accumulation de composants cellulaires endommagés, une structure membranaire appelée phagophore commence à se former dans le cytoplasme. Cette membrane se courbe progressivement et s’étend, guidée par les protéines ATG qu’Ohsumi a identifiées. Durant cette phase d’élongation, le phagophore enveloppe progressivement les éléments à dégrader : protéines mal repliées ou agrégées, organelles usées comme des mitochondries défectueuses, portions de réticulum endoplasmique endommagé, ou encore des agents pathogènes intracellulaires.

Une fois que le phagophore s’est refermé complètement sur son contenu, il forme une vésicule à double membrane appelée autophagosome. Cet autophagosome, chargé de sa cargaison de déchets cellulaires, migre ensuite vers le lysosome (ou la vacuole chez la levure), une organelle contenant des enzymes digestives puissantes. La membrane externe de l’autophagosome fusionne avec celle du lysosome, libérant ainsi la membrane interne et son contenu dans cet environnement très acide et riche en enzymes hydrolytiques. C’est là que s’effectue la dégradation proprement dite : les protéines sont découpées en acides aminés, les lipides membranaires sont fragmentés, les glucides sont décomposés en sucres simples. Ces éléments de base sont ensuite recyclés et renvoyés dans le cytoplasme, où ils peuvent être réutilisés par la cellule pour construire de nouvelles protéines, de nouvelles membranes, ou pour produire de l’énergie.

L’autophagie n’est donc pas un simple mécanisme de destruction, mais un véritable système de recyclage sophistiqué qui permet à la cellule de maintenir son homéostasie, c’est-à-dire son équilibre interne. Ce processus est activé naturellement en période de jeûne ou de restriction nutritionnelle, permettant à la cellule de mobiliser ses propres ressources pour survivre. Il joue également un rôle essentiel dans l’élimination des pathogènes intracellulaires, comme certaines bactéries ou virus, contribuant ainsi à la défense immunitaire. De plus, l’autophagie protège contre le vieillissement cellulaire en éliminant les organelles dysfonctionnelles et les agrégats protéiques toxiques qui s’accumulent avec l’âge. L’autophagie est donc un gardien de la qualité cellulaire, un mécanisme de contrôle qui veille constamment au bon fonctionnement de nos milliards de cellules.

4.L’autophagie vue comme un processus naturel de prévention et d’élimination des cellules cancéreuses

Les découvertes d’Ohsumi ont des implications profondes pour la compréhension du cancer. L’autophagie joue un rôle double et apparemment paradoxal face à cette maladie, mais qui s’explique parfaitement par la logique de la physiologie cellulaire.

D’une part, l’autophagie agit comme un puissant mécanisme de prévention du cancer. En éliminant continuellement les mitochondries défectueuses, les protéines mutées et les organelles endommagées, l’autophagie empêche l’accumulation d’anomalies cellulaires qui pourraient conduire à une transformation cancéreuse. De nombreuses études ont montré que des mutations dans les gènes de l’autophagie, notamment ATG5 ou ATG7, augmentent considérablement le risque de développer un cancer. Une autophagie déficiente entraîne une instabilité génétique, une inflammation chronique et une prolifération cellulaire incontrôlée. L’autophagie fonctionne donc comme un système de contrôle qualité préventif qui maintient l’intégrité cellulaire et supprime les cellules présentant des dommages pouvant mener au cancer.

D’autre part, lorsqu’un cancer est déjà établi, l’autophagie peut être exploitée thérapeutiquement pour affaiblir les cellules cancéreuses. C’est ici que les travaux d’Ohsumi éclairent de façon remarquable les intuitions d’autres pionniers de la santé naturelle. Le jeûne et la restriction calorique activent massivement l’autophagie dans toutes les cellules de l’organisme. Or, les cellules cancéreuses, qui ont un métabolisme profondément perturbé, ne possèdent pas la même capacité que les cellules saines à s’adapter à la privation nutritionnelle. Les cellules saines, lorsqu’elles sont privées de nutriments, activent leur autophagie pour recycler leurs composants et produire l’énergie nécessaire à leur survie. Elles entrent dans un mode de protection cellulaire qui les rend plus résistantes aux stress. Les cellules cancéreuses, en revanche, avec leur métabolisme anarchique et leur dépendance accrue à la consommation de glucose, peinent à activer efficacement ces mécanismes d’adaptation. Le jeûne crée donc un environnement métabolique dans lequel les cellules saines sont protégées tandis que les cellules cancéreuses sont fragilisées.

Ces découvertes d’Ohsumi éclairent scientifiquement ce que d’autres chercheurs avaient intuité ou observé avec une remarquable justesse. Dès les années 1960-1970, André Gernez avait identifié la restriction calorique comme un puissant outil de prévention du cancer, comprenant que les périodes de frugalité permettaient au corps d’éliminer les cellules défectueuses. Les travaux d’Ohsumi, plusieurs décennies plus tard, révèlent le mécanisme cellulaire précis – l’autophagie – qui valide scientifiquement l’intuition géniale de Gernez. De même, les peuples sans cancer étudiés par le Dr Jean-Pierre Willem pratiquaient naturellement des périodes de frugalité alimentaire qui activaient cette régénération cellulaire. Otto Warburg et Laurent Schwartz avaient identifié le dysfonctionnement mitochondrial comme origine du cancer : l’autophagie est précisément le mécanisme qui permet d’éliminer les mitochondries défectueuses et de restaurer une respiration cellulaire saine. Ainsi, les travaux d’Ohsumi unifient et valident scientifiquement des approches qui, bien qu’issues de contextes différents, convergent toutes vers une même vérité physiologique.

Le cancer peut donc être compris, à la lumière de l’autophagie, comme une maladie liée en partie à un dysfonctionnement de ce mécanisme de nettoyage cellulaire. La stimulation de l’autophagie par le jeûne ou la restriction calorique constitue une approche douce, non violente et profondément respectueuse de la physiologie pour accompagner le corps dans sa régénération naturelle. Cette compréhension ouvre des perspectives fascinantes pour repenser l’accompagnement des personnes atteintes de cancer, en s’appuyant sur les capacités intrinsèques du corps plutôt que sur des interventions externes agressives.

5. L’autophagie, une clé précieuse au service de la guérison des enfants au centre ¡Viva la Vida!

Au centre ¡Viva la Vida!, les découvertes de Yoshinori Ohsumi trouvent une application concrète et quotidienne. L’ensemble du protocole nutritionnel et du mode de vie proposé aux enfants cancéreux et à leurs mamans repose sur une compréhension approfondie de l’autophagie et de la façon de l’activer naturellement et en douceur.

L’alimentation proposée au centre est spécialement conçue pour favoriser l’autophagie de façon naturelle et continue. Il s’agit d’une alimentation que je qualifie de « cancérifuge », un terme que j’ai créé et qui pour moi signifie « favorable à la disparition du cancer », l’inverse de cancérigène. Cette alimentation cancérifuge repose sur plusieurs principes fondamentaux qui s’harmonisent parfaitement avec les mécanismes de l’autophagie découverts par Ohsumi.

Premièrement, l’alimentation au centre est exceptionnellement riche en micronutriments : vitamines, minéraux, oligoéléments, enzymes vivantes, phytonutriments. Elle privilégie les fruits et légumes frais, de préférence biologiques, dont une partie importante est produite et récoltée directement sur place dans les jardins fertiles de la Pachamama, garantissant ainsi une fraîcheur maximale et l’absence totale de résidus de pesticides. Les jus de légumes fraîchement pressés, véritables concentrés de vitalité, sont proposés régulièrement. Parfois, des graines germées et des aliments lactofermentés viennent enrichir les repas, apportant des probiotiques bénéfiques et des nutriments hautement biodisponibles. Cette richesse nutritionnelle nourrit profondément les cellules saines, leur fournissant tous les éléments dont elles ont besoin pour fonctionner de façon optimale et pour mener à bien les processus d’autophagie.

Deuxièmement, cette alimentation est volontairement pauvre en calories vides et dévitalisées. On y évite les produits raffinés, les aliments transformés industriellement, les sucres ajoutés et les graisses de mauvaise qualité. L’approche nutritionnelle privilégie résolument la qualité sur la quantité. En nourrissant profondément les cellules saines tout en créant des conditions métaboliques défavorables aux cellules cancéreuses, cette alimentation active naturellement les mécanismes d’autophagie sans imposer au corps un jeûne strict qui pourrait être difficile à vivre, surtout pour des enfants en période de croissance.

Troisièmement, et c’est peut-être l’aspect le plus remarquable, les horaires des repas au centre ¡Viva la Vida! respectent scrupuleusement la chronobiologie naturelle du corps. Il n’y a aucune contrainte de temps stressante, aucune obligation artificielle de « terminer son assiette » ou de manger à heures fixes dictées par des conventions sociales. Les enfants sont invités à écouter leur corps et à manger lorsqu’ils ressentent une vraie faim physiologique, et non une faim émotionnelle ou sociale. Cette approche conduit naturellement à des périodes de jeûne nocturne prolongées, généralement de 16 à 18 heures, parfois même 19 heures entre le dernier repas de la journée et le premier repas du lendemain.

Ces périodes de jeûne nocturne sont précisément ce qui active puissamment l’autophagie. Comme l’a démontré Ohsumi, après environ 12 à 16 heures sans apport alimentaire, les cellules lancent massivement leur processus d’auto-nettoyage. Durant ces heures nocturnes, pendant que l’enfant dort paisiblement, son corps accomplit un travail extraordinaire : il recycle les protéines endommagées, élimine les organelles défectueuses, nettoie les mitochondries dysfonctionnelles, et détruit progressivement les cellules cancéreuses qui ne parviennent pas à s’adapter à cette restriction nutritionnelle intermittente.

Ainsi, sans même s’en rendre compte, sans avoir l’impression de se priver, sans effort conscient ni souffrance, le corps de l’enfant bénéficie quotidiennement de cette extraordinaire capacité d’auto-nettoyage et de régénération cellulaire mise en lumière par les travaux du professeur Ohsumi. C’est cette approche douce, respectueuse, profondément physiologique et scientifiquement fondée qui constitue l’un des piliers de l’accompagnement proposé au centre ¡Viva la Vida! pour offrir aux enfants cancéreux une régénération naturelle de leur santé avec tout le respect et l’amour qu’ils méritent.

Conclusion

Les découvertes de Yoshinori Ohsumi sur l’autophagie représentent bien plus qu’une avancée scientifique remarquable : elles révèlent la sagesse intrinsèque du corps humain et sa capacité extraordinaire à se nettoyer, à se régénérer et à se protéger contre les maladies. En identifiant les gènes et les mécanismes de l’autophagie, Ohsumi a fourni les bases scientifiques solides qui valident des pratiques ancestrales et des intuitions de pionniers de la santé naturelle. Ses travaux démontrent que le corps possède en lui-même les clés de sa propre guérison, pour peu qu’on lui offre les conditions favorables à l’expression de ses capacités régénératrices. Au centre ¡Viva la Vida!, nous mettons ces connaissances au service des enfants cancéreux, en créant un environnement cancérifuge où l’autophagie peut s’exprimer naturellement, permettant ainsi au corps de retrouver son équilibre et sa pleine santé.

Cet article a été écrit par Claire Loiseleur qui est la fondatrice et l’animatrice du centre ¡Viva la Vida!, dont la mission est d’offrir aux enfants cancéreux qui viennent y séjourner une régénération naturelle de leur santé avec tout le respect et l’amour qu’ils méritent.

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